Der Körperbau der heutigen Krokodile sowie ihre Physiologie sind sehr stark durch die Lebensweise im Wasser geprägt. Zu diesen Merkmalen gehören der flache Körperbau mit der meist breiten und flachen Schnauze sowie der zu einem Ruder ausgebildete und seitlich abgeflachte Schwanz. Krokodile erreichen abhängig von der Art Körperlängen von 1,20 Meter Schritt bis über sieben Meter, fossile Arten erreichten sogar Körperlängen über zwölf MeterSchritt. Krokodile wachsen fast ein Leben lang, die Geschwindigkeit des Wachstums stagniert jedoch mit zunehmenden Alter, so dass der jährliche Längenzuwachs bei älteren Krokodilen nur noch wenige Zentimeter beträgt.

Der Schädel der Krokodile ist langgestreckt. Die Augen sind im Laufe der Evolution am Schädel weit nach oben gewandert. Die weit vorn auf der Schnauze liegenden Nasenöffnungen sind durch ein langes Kanalsystem (Choane mit sekundärem Munddach) mit dem Rachen verbunden, so dass die Tiere auch mit gefülltem Maul oder im Wasser eingetaucht problemlos atmen können. Die knöchernen Nasenöffnungen sind dabei zu einer einzigen ovalen Öffnung verschmolzen. Je nach Ernährungsweise unterscheiden sich die Schnauzen in der Länge und Breite bei den verschiedenen Arten. So haben die meisten Arten eine relativ breite Schnauze, die ihnen die Nutzung eines breiten Nahrungsspektrums gestattet. Arten wie der Gangesgavial (Gavialis gangeticus) und der Sundagavial (Tomistoma schlegelii), die auf Fischfang spezialisiert sind, haben dagegen eine sehr schmale, lang gezogene Schnauze. Wie bei den anderen Vertretern der Archosaurier und der Diapsiden generell besitzt der Schädel beidseitig zwei Schläfenfenster, eines durch die Abflachung des hinteren Schädelbereiches auf der Oberseite, das andere seitlich hinter dem Auge. Insgesamt stellt der Schädel eine kompakte Struktur dar, mit Ausnahme des Oberkiefers können keine Teile des Schädels bewegt werden (akinetischer Schädel). Auf der Oberseite der Schnauze und auf dem Hinterhaupt ist der Schädelknochen direkt mit der darüber liegenden Haut verwachsen, zwischen Haut und Knochen bildet sich eine Kalkschicht, die „Crusta calcarea“. Die kegelförmigen, einspitzigen Zähne sind thecodont, sie sitzen also wie bei den Säugern in eigenen Zahnfächern (Alveolen) des Ober- und Unterkiefers. Je nach Art können die Zähne in Form und Länge sowie in der Anzahl variieren. Innerhalb einer Art gibt es nur einen Unterschied in der Größe, wobei die größeren Zähne häufig als „Reiß-“ oder „Fangzähne“ bezeichnet werden. Bei den Alligatoren (Alligatoridae) liegen alle Unterkieferzähne bei geschlossenem Maul innerhalb der Oberkieferzahnreihe, bei den Echten Krokodilen (Crocodylidae) ist der vierte Unterkieferzahn auch von außen sichtbar und greift in eine Lücke oder ein Loch des Oberkiefers. Beim Gangesgavial und dem Sundagavial stehen die sehr langen und dünnen Zähne reusenartig im Kiefer und die vorderen Zähne stehen schräg nach außen vor, sind also auch bei geschlossenem Maul sichtbar. Krokodile haben einen regelmäßigen Zahnwechsel, wobei sich die Ersatzzähne in den Zahnhöhlen der „aktiven“ Zähne entwickeln. Jeder Zahn wird etwa alle zwei Jahre ersetzt, die vorderen Zähne jedoch häufiger als die hinteren.

Den Namen Panzerechsen verdanken die Krokodile ihrem harten Schuppenpanzer, der besonders auf dem Rücken durch Knochenplatten verstärkt wird. Dabei besteht die oberste Hautschicht der Tiere, die Hornhaut (Stratum corneum) aus einer wechselnden Anzahl von Schichten aus Kollagenfasern. Bei embryonalen Tieren handelt es sich dabei um zwei bis drei dieser Schichten, im Laufe des Alters lagern sich weitere Schichten darunter, so dass bei einem ausgewachsenen Mississippi-Alligator (Alligator mississippiensis) bis zu 24 Schichten übereinander liegen können. Häutungen gibt es bei den Krokodilen nicht, die oberste Schicht wird durch einfachen Abrieb erneuert. Die hornigen Rückenschuppen bestehen aus gekielten Hornplatten, die als Rückenschilde bezeichnet werden. Unterhalb dieser Schilde liegen verknöcherte Platten (Osteodermen). Dabei handelt es sich artabhängig um vier bis 10 nebeneinander liegende Platten, die in mehreren Längsreihen angeordnet sind, jede Längsreihe entspricht einem Wirbel der Wirbelsäule. Auch die Schilde im Nacken der Tiere, die Nuchalplatten, sind mit Osteodermen unterlegt und bilden arttypische Muster. Die Bauchschilde der meisten Arten sind flach und viereckig und bei fast allen Arten existieren hier keine knöchernen Platten. Am Schwanz bilden die Bauchschilde und die Rückenschilde Ringe, die im vorderen Bereich beidseitig einen Schuppenkamm tragen, der zur Schwanzspitze hin in einen einzelnen Schuppenkamm übergeht. Auch alle anderen Körperteile tragen Hornschilde, bei einigen Arten können sich dabei auch an den Extremitäten, am Hals und sogar an den Augenlidern Knochenverstärkungen bilden. Besonders die sehr stark verknöcherten Arten sind meist eher klein und verhältnismäßig unbeweglich, dazu gehören etwa die Glattstirnkaimane (Gattung Paleosuchus), das Stumpfkrokodil (Ostaeolaemus tetraspis) und der Mohrenkaiman (Melanosuchus niger). Größere Arten wie das Leistenkrokodil (Crocodylus porosus) schützen sich vor allem durch ihre Größe und haben entsprechend weniger stark ausgebildete Knochenpanzer.  '''Achsenskelett und Extremitäten'''Die Wirbelsäule aller Krokodile besteht aus neun Hals- und 17 Rumpfwirbeln, an die sich der Schwanz mit 35 bis 37 einzelnen Wirbeln anschließt. Die Rumpfwirbel können wiederum in acht Brust-, sieben Lenden- und zwei Sakralwirbel unterteilt werden. Bei allen Wirbeln handelt es sich um so genannte „procoele Wirbel“, also Wirbelkörper, die am Vorderende eine Aushöhlung haben, in die der nächstvordere Wirbel greift. Eine Ausnahme bilden dabei der Atlas, der Epistropheus sowie der zentrale Sakralwirbel und der erste Schwanzwirbel. Krokodile besitzen Rippen entlang der gesamten Rumpfwirbelsäule bis zu den ersten Schwanzwirbeln, außerdem findet man bei ihnen Bauchrippen (Gastralia) ohne Ansatz an der Wirbelsäule. Das Brustbein (Sternum) ist knorpelig ausgebildet. Der Schultergürtel ist einfach aufgebaut und entspricht im Wesentlichen dem Grundbauplan der Tetrapoden. Die Schlüsselbeine (Claviculae) fehlen, wodurch eine größere Bewegungsfreiheit gegeben ist. Interessant ist das Becken, das ähnlich wie das der Säugetiere aufgebaut ist und aufgrund der Ausrichtung von Scham- und Sitzbein Hinweise auf eine ursprünglich zweibeinige Fortbewegungsweise gibt. Die Vordergliedmaße endet in einer fünffingrigen Hand, von der nur die medialen drei Finger Krallen tragen. Zwischen den vier Zehen der Hintergliedmaße sind Schwimmhäute ausgebildet. Der äußersten, lateralen Zehe fehlt ebenfalls die Kralle.   

Alle heute lebenden Krokodile sind leben in ihrem Körperbau Sümpfen und in ihrer Lebensweise an eine amphibische Lebensweise angepasstTümpeln, wobei sie in den Großteil der Zeit im Wasser verbringen. Krokodile leben alle überwiegend im Süßwasser, können jedoch auch im Brackwasser oder im küstennahen Salzwasser angetroffen werden. Dabei gibt es sowohl Arten, die offene Gewässer wie Seen und größere Flüsse bevorzugen, als auch Arten, die in Bachläufen und im Unterholz leben. Ihr Verbreitungsgebiet ist auf die tropischen Bereiche eingegrenzt, nur die beiden Alligatorarten leben in ihrem nördlichen Verbreitungsgebiet in Bereichen mit leichten Wintern. Neben diesen Eigenschaften ist das Vorkommen auch abhängig von dem Nahrungsangebot, dem Angebot an Brutplätzen, der Konkurrenzsituation sowie der Bejagung durch die ansässige BevölkerungTropen.